虹吸式排水系統在降雨初期，屋面雨水高度未超過雨水斗高度時，整個排水系統工作狀況與重力排水系統相同。
隨著降雨的持續，當屋面雨水高度超過雨水斗高度時由于采用了科學設計的防漩渦雨水斗，通過控制進入雨水斗的雨水流量和調整流態減少漩渦，從而極大地減少了雨水進入排水系統時所夾帶的空氣量，使得系統中排水管道呈滿流狀態，利用建筑物屋面的高度和雨水所具有的勢能，在雨水連續流經過雨水懸吊管轉入雨水立管跌落時形成虹吸作用，并在該處管道內呈較大負壓。屋面雨水在管道內負壓的抽吸作用下以較高的流速被排至室外。